Ян Менцер изучал политологию со специализацией в международных отношениях и психологии в Лейпцигском университете. Он работал помощником различных членов Бундестага (парламента Германии) в качестве специалиста по иностранным делам, а также спичрайтера. Он также входил предвыборный штаб Ангелы Меркель в 2013 году.

Ян преподавал в Свободном университете Берлина, в Университете Гумбольдта и в МГИМО-Университете в Москве. В настоящее время он читает лекции по внешней политике, политике безопасности и международному праву в Берлинской школе экономики и права (HWR Berlin) и в Федеральном университете прикладных административных наук.

С 2015 по 2018 годы работал научным сотрудником Киевского института евроатлантического сотрудничества (IEAC). В сотрудничестве с программой USAID RADA он был консультантом по проведению парламентской реформы в Украине.

В течение многих лет Ян является официальным представителем региональной исследовательской группы «Восточная Европа / Кавказ / Центральная Азия» Кельнского форума по международным отношениям и политике безопасности (KFIBS) и региональным представителем Берлинского офиса KFIBS.

С 2019 года Ян работает научным сотрудником Австрийского института европейской политики и политики безопасности (AIES) в Вене и Института парламентских исследований в Берлине. Его исследования сконцентрированы на политике Германии и США в отношении России, Беларуси и Украины, а также политике безопасности в Восточной Европе и НАТО.